Загальноосвітня школа І ступеню. На цьому етапі діти мають можливість поглиблено вивчати іноземні мови (англійську, німецьку); основи інформатики за програмою „Сходинки до інформатики”; різноманітні курси за вибором. На базі початкової школи працює філія дитячої художньої школи, навчання в якій здійснюється згідно вимог загальнодержавних програм. Підготовчим етапом до школи І ступеню є центр раннього розвитку "Мамина школа” (для дітей 4-6 років та їх батьків);; Школа майбутнього першокласника (для дітей 6-го року життя).
Загальноосвітня школа ІІ ступеню. Діти мають можливість продовжувати вивчення двох іноземних мов; поглиблено вивчати інформатику, українську та іноземні мови; навчатися у класі "Юних козачат”, навчатися у проліцейному класі з посиленою військово-фізичною підготовкою (поглиблене вивчення курсу „Основи військової справи”); брати участь у дитячій громадській організації „Пласт”.
Загальноосвітня школа ІІІ ступеню забезпечує навчання у профільних класах;. На цьому етапі активно діє шкільне наукове товариство "Промінь”, шкільний „Європейський клуб”. Традиційним є проведення інтелект-шоу "Еврика” та конкурси на звання "Король та Королева наук”. Для обдарованих дітей створено додаткові умови для самонавчання та самореалізації: години індивідуального навчання, дні „вільного відвідування”, стимулювання творчих успіхів. Учні-призери обласних олімпіад та конкурсу-захисту наукових робіт Малої Академії Наук отримують стипендії у розмірі 10-30 гривень. Учнівська команда КВК „Вірус сміху” – багаторазовий переможець обласних та всеукраїнських змагань. Шестиразовим призером обласних змагань є команда ліцеїстів „Козаки Поділля”.
Модель НВК №3 включає:
ліцей з посиленою військово-фізичною підготовкою;
академічну школу;
школу сприяння здоров’ю
Колектив закладу — 120 чол., в т.ч. педагогів — 62 чол. Кількість учнів – 731 чол.
У закладі функціонують:
25 навчальних кабінетів,
профільні класи, класи козацького гарту та з посиленою військово-фізичною підготовкою,
спортивний і тренажерний зали,
футбольне поле з синтетичним покриттям,
хореографічний клас, фітобар, теплиця,
масажний та стоматологічний кабінети,
психолого-реабілітаційний центр „Дзеркало”,
спортивно-оздоровчий центр „Олімпія”,
центр „Педагогіки здоров’я”,
центр раннього розвитку і освіти дітей дошкільного віку "Мамина школа” ,"Школа майбутнього першокласника”,
мультимедійний просвітницький центр
Колектив закладу використовує у навчально-виховному процесі результати діагностики за програмою Всеукраїнського експерименту „Психолого-педагогічне проектування соціального розвитку особистості”.
Майбутнього випускника НВК №3 бачимо:
мобільним, успішним, комунікабельним, самодостатнім, соціальноздібним, зі знанням основ наук, гармонійно розвиненою особистістю, залишаючись при цьому фізично досконалим, із впевненим самоусвідомленням „Я – українець. Я – європеєць”